生物有机肥的有效施肥深度一般在根系密集区，即土表层下15厘米左右，并要根据土壤性质、作物种类、气候条件和施肥方法而调整和改变。

从土壤性质来看，粘土地应施肥翻耕的浅一些。在砂土上，因通气、透水性好，生物有机肥相对可以施的较深些。

从作物种类看，果树等植株根系较深的，施肥则要深，而对小白菜等根系较浅的蔬菜作物，施肥浅有利于作物吸收。

从气候条件看，降雨少的地区或旱季，施肥后翻耕可深些。温暖而湿润的地区或雨季，翻耕则应浅些。

从施肥方法看，种肥、基肥和追肥的施肥深度不同，种肥要与作物种子在土壤中的深度相适应，才能达到施用种肥的目的。