影响生物肥料有效性的外部因素是土壤条件和环境因素。当肥料施人土壤后，土奕为休眠的微生物提供了复苏的条件，但微生物能否紧殖和旺盛代谢，取决于土壤的PH值、湿度、温度和通气性等条件以及养分含量（微生物与作物之间将会竞争养分）。

另外，要弄清敬生物和作物品种、土坡类型之向的关系做到合理使用，如报瘤菌肥必须与相应的豆科植物种甚至品种接种才明显有效。

此外化肥品种和配比也会对微生物的生存产生影响，甚至产生负面作用。有关生产工艺、装备、安全性等都有待进一步研究加以解决。因此，使用微生物肥料时必须选择高质盘制剂和最佳使用方法、条件，以保证微生物肥料的显著效果。