城市污泥中含有丰富的作物生长所需的各种营养及有机质，是堆肥发酵最佳原材料之一。

城市污泥中往往含有重金属，这些重金属一般指汞、铬、镉、铅、砷等。微生物特别是细菌、真菌在重金属的生物转化中起重要效果。尽管有些微生物能够改动重金属在环境中的存在状况，使化学物毒性增强而引起严重的环境问题或浓缩重金属，并经过食物链堆集。

有些微生物能够经过直接和直接的效果去除环境中重金属，有助于改善环境。如遭到关注的形成环境污染的重金属-汞，微生物转化汞包含3方面，无机汞（Hg2+）的甲基化、无机汞（Hg2+）还原成Hg0，甲基汞和其他有机汞化合物的裂解并还原成Hg0。这些能将无机汞和有机汞转化为单质汞的微生物称为抗汞微生物。微生物尽管不能降解重金属，但经过对重金属的转化效果，操控其转化途径，能够到达减轻毒性的效果。