（1）有益微生物差异：生物有机肥含有大量的有益生物，微生物的活动能够改善土壤理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长；农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生。

（2）肥效的差异：生物有机肥发酵时间短腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快；农家肥露天长时间堆积，养分（特别是氮素）损失较多。

（3）安全性差异：生物有机肥经过有益微生物的作用，基本消灭了畜禽粪便中原有的对作物生长有害的病虫。另外，生物有机肥经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根、烧苗，而农家肥腐熟不彻底，用量稍大，就会出现烧根、烧苗，导致减产。