盐分是土壤微生物生存的物质基础。土壤当中养分的丰富程度和成分决定了微生物种类、数量、生物量、生化活性强度、土壤酶的活性大小等。

土壤的有机含量对土壤微生物生物量的作用是主要的，耕层有机质丰富，微生物生物量含量就高。天然植被开垦后种植作物，由于土壤有机质迅速减少，微生物量氮或量碳会锐减。因此，土壤微生物生物量可以预测和反应土壤改良剂养分的供应能力。不同生态系统条件下的土壤微生物生物量周转周期不同，并且相同土壤、不同施肥和种植条件下，土壤微生物生物量碳的周转周期也不相同。

土壤改良剂微生物量，与氮素循环、氮在作物产量和品质上的重要作用有关。微生物生物量氮低于或接近作物地上部分吸氮量，有时甚至可作为作物的唯一氮源。与氮利用率密切相关的硝化作用对有机质最敏感，有机质多则抑制硝化作用。硝化作用强度是土壤改良剂中一类特殊自养与异养微生物对氮化合物氧化的结果。它只能在微生物分解有机碳代谢作用的后期，即土壤改良剂汇总易溶性的有机物减少到最低量时才开始。故硝化作用于纤维素分解强度、呼吸作用不表现相关性。