水是生命活动的基本条件之一。土壤中水分条件的变化影响着土壤微生物的生命活动。细菌大多数对干旱没有很强的抵御能力，但在水分条件好，尤其是淹水时很容易缺氧而使占大多数的好氧细菌生长受抑。真菌生长要求适宜的水分。当水分含量低于适宜水分范围时则形成分生孢子休眠，水分含量过高，则造成氧气不足，限制菌丝体的生长而使真菌生物量减少。放线菌在水分含量降低时则数量增加。

与生物体内的酶不同，存在于土壤中的酶并不总是处于最适的水分环境里，因为土壤水分状况经常发生变化，从完全饱和至接近凋萎含水量，这是的土壤酶活性在很大程度上取决于土壤水分状况，特别是反硝化酶的激活以及它们重新合成几乎直接从降雨或灌溉后土壤变湿开始。土壤中的硝化与反硝化作用于土壤含水量密切相关，在渍水时，土壤中的空气为水取代，有利于厌氧菌的繁殖，导致强烈的还原条件，反硝化作用发生，反硝化强度增加。