微生物菌肥利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。微生物菌肥恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。

微生物菌肥中含有的大量活性有益菌，像哈茨木霉和枯草芽孢杆菌等，在土壤中不断地生长发育繁殖，分泌大量的几丁质酶、生根素等物质作用于土壤中，同时还能够固氮解磷活钾，提高土壤中肥料的利用率，在做到爆发式生根的同时，还进一步促进作物持续生根，所以微生物菌剂促生根的持效期更长，使作物长势更健康。