施用农家肥可以有效调节稻田土壤酸碱度，在酸性土壤上施酸性化肥如硫酸铵、氯化铵等时，铵离子被吸收利用后剩下硫酸根，硫酸根与土壤胶体吸附的氢离子结合生成硫酸，会使土壤酸性增强，导致土壤板结，土壤结构被破坏。

酸性化肥如与有机肥混用，则可因有机肥能提高土壤的缓冲性能，调节酸碱度，可以使得土壤酸性不至于很高。施用有机肥后，因其富含有机质，还能达到改良酸性土壤结构，提高肥力的目的。