重庆微生物肥料是指含有大量有益微生物的肥料，它主要由有益微生物和微生物生命活动所需要的基质组成。有益微生物主要是指能固氮的根瘤菌、固氮菌，能活化磷、钾养分的解磷、解钾菌，能提高作物抗逆性的抗生菌，能促进有机物质转化的腐解菌等。

人们在选用时一是要注意品牌，以防假冒伪劣；二是在保存和施用时要满足微生物的存活条件；三是要清楚，它主要是起“锦上添花”的作用，不可能取代有机肥和化肥的养分供应。