水产养殖的专用微生物肥料，一般由有机和无机营养物质、微量元索、有益菌群和生物素、肥料增效剂等复合组成。其既能培肥水体，促进鱼、虾、蟹、蚌饲料生物的大量繁殖生长，又能改善水质，减少病害，有效避免泛塘。有关试验和使用表明，使用微生物肥料养殖，其成本较传统的碳铁、研肥低但养殖效果明显优于传统的碳铁、磷肥养殖模式。

水产养殖应用微生物肥料具有四大优点：

（1）来肥迅速、肥效持久。一般晴天上午使用，第二天即会产生水色变化，正常情况下肥效可持久达10天左右。培肥的水色以硅藻、裸藻、隐藻、金藻和轮虫等饲料价值高的黄绿至黄褐色为主与传统化肥的墨绿色、蓝绿色的水色有明显区别。

（2）调节水质，改善底质。微生物肥料中所含的微量元素除供给水生生物直接利用外.还可与水体底质中某些有害物质结合，解除其毒性减少对养殖鱼、虾、蟹、蚌的毒害。同时，通过在肥料中有益微生物的作用，可降低水体中的悬浮物及降解氨盆、硫化氢、亚硝酸盐等，对调节水质、改善底质也有很好的作用。

（3）增加溶氧，减少浮头和泛塘。除水质调节能提高水体的溶氧外微生物肥料中的生物素可提高藻类的新陈代谢增强光合作用效率，合成较多的有机物和产生氧气，有效地避免缺氧现象。

（4）提高免痊能力，预防疾病。微生物肥料的生产工艺，一般需经微生物固体发酵处理，肥料中的致病菌能被有效地抑制，其所含的微量元素能改善水生动物的生理机能，提高其免疫力，增强抗病力。同时，水体环境的改善、水中溶氧量的增加，也可以减少病害发生。