生物有机肥的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关。

有机肥的改善土壤土质的效果很明显，前期使用的时候肯定不是很理想，但是经过长时间的使用，把经常使用化肥的土壤板结化转换完毕之后，就可以体现出有机肥的好处了。

增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。